
Origine des filières
La France a joué un rôle pionnier dans le domaine des maladies rares : elle a été le premier pays en Europe à avoir élaboré et mis en œuvre un Plan National Maladies Rares (PNMR).
Le 1er PNMR a permis la mobilisation de l’ensemble des acteurs du domaine des maladies rares et l’identification des centres de référence et de compétence. Les médicaments orphelins disponibles ont été rendus accessibles aux patients. L’information à destination des personnes malades, des professionnels et du grand public s’est développée grâce, notamment, au portail Orphanet.
L’ambition du 2e PNMR : renforcer la qualité de la prise en charge des personnes malades, la recherche sur les maladies rares et la coopération européenne et internationale. En janvier 2015, le ministère chargé de la santé s’est prononcé en faveur de la prolongation du 2ePNMR jusqu’à fin 2016. Ces 2 années supplémentaires ont été mises à profit pour poursuivre les actions majeures en cours, dont le renouvellement de la labellisation des centres de compétence et de référence, la montée en charge des 23 filières de santé maladies rares (FSMR), nouveauté de ce 2e PNMR.
Leurs objectifs sont de renforcer les liens entre tous les acteurs, de mutualiser les ressources et de développer les complémentarités.
La structuration des filières doit s’articuler autour de deux objectifs généraux qui sont la visibilité et le décloisement afin de contribuer à diminuer le délai d’errance diagnostique et améliorer le continuum entre les acteurs.
Agnès Buzyn, ministre des solidarités et de la santé et Frédérique Vidal, ministre de l’enseignement supérieur, de la recherche et de l’innovation, ont souhaité donner un souffle nouveau à l’action gouvernementale en lançant officiellement le 3e PNMR. Ce plan porte une ambition : partager l’innovation, un diagnostic et un traitement pour chacun et se décline pour cela en 11 axes. Les missions de coordination des soins et de la recherche des filières de santé maladies rares sont renforcées, notamment, autour du recueil et du partage de données. C’est en juillet 2019 que les 23 FSMR ont été à nouveau labellisées par le Ministère des Solidarités et de la Santé pour la période 2019-2022.
Le ministère de la santé et de l’enseignement supérieur et de la recherche continuent à porter ce nouveau plan comme ils l’ont fait pour les précédents et le ministère chargé de l’industrie est désormais également associé.
Tout en s’inscrivant dans la continuité des 20 ans d’actions des 3 premiers plans et dans la volonté de les renforcer, ce 4e plan affiche des ambitions nouvelles sur le volet des données de santé et outils numériques ainsi que sur la dimension européenne (initiative JARDIN, ERDERA) afin d’élargir les connaissances sur les maladies rares, faciliter le diagnostic et l’accès à de nouvelles thérapies, soutenir la recherche et fluidifier les parcours des personnes touchées par une maladie rare avec des soins de qualité centrés sur la personne malade, un accompagnement social, humain et solidaire et davantage de formation et d’information sur les maladies rares.
Dans ce contexte, le 24 juillet 2025, l’arrêté portant labellisation des 23 FSMR est paru. RespiFIL est labellisée pour une nouvelle période de 5 ans et le Pr Vincent COTTIN (hôpital Pradel, HCL, Lyon) en est son coordonnateur.
Les filières : rôle de coordination
Les filières ont pour vocation d’animer et de coordonner les actions entre les acteurs impliqués dans la prise en charge de maladies rares :
Suite à la nouvelle labellisation des centres maladies rares le 29 décembre 2023 par le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche et le Ministère de la santé et de la prévention, l’ensemble des 23 filières compte :
- 122 centres de référence coordonnateurs ;
- 394 centre de référence constitutifs ;
- 87 centres de ressources et de compétences,
- 1708 centres de compétence,
Soit 2311 centres de prises en charge dédiés et spécialisés pour la prise en charges des maladies rares.
Les missions des filières
- Améliorer la prise en charge des patients
- Coordonner et encourager la recherche
- Informer et former
- Participer aux réseaux européens
Les 23 filières en résumé
Chaque filière a été constituée autour d’un ensemble de maladies rares présentant des aspects communs.

AnDDI-Rares
Anomalies du développement avec ou sans déficience intellectuelle de causes rares
Coordonnateur : Pr Laurence Olivier-Faivre (Dijon)
Site internet

BRAIN-TEAM
Maladies rares à expression motrice ou cognitive du système nerveux central
Coordonnateur : Pr Christophe Verny (Angers)
Site internet

CARDIOGEN
Maladies cardiaques héréditaires ou rares
Coordonnateur : Pr Philippe Charron (Paris)
Site internet

DéfiScience
Maladies rares du neurodéveloppement
Coordonnateur : Pr Vincent des Portes (Lyon)
Site internet

FAI²R
Maladies auto-immunes et auto-inflammatoires systémiques rares
Coordonnateur : Pr Christophe Richez (Bordeaux)
Site internet

FAVA-Multi
Maladies vasculaires rares avec atteinte multi-systémique
Coordonnateur : Pr Guillaume Jondeau (Paris)
Site internet

FILFOIE
Maladies hépatiques rares de l’enfant et de l’adulte
Médecin coordonnateur : Pr Aurélie Plessier (Paris)
Site internet

FilRougE-MCGRE
Maladies constitutionnelles rares du globule rouge et de l’érythropoïèse
Coordonnateur : Pr Valentine Brousse (Paris)
Co-coordination : Dr Pierre Cougoul (Toulouse)
Site internet

FILNEMUS
Maladies neuromusculaires
Médecin coordonnateur : Pr Shahram Attarian (Marseille)
Site internet

FILSLAN
Sclérose latérale amyotrophique et autres maladies rares du neurone moteur
Médecin coordonnateur : Pr Philippe Couratier (Limoges)
Site internet

FIMARAD
Maladies rares en dermatologie
Coordonnateur : Pr Smaïl Hadj-Rabia (Paris)
Site internet

FIMATHO
Maladies rares abdomino-thoraciques
Médecin coordonnateur : Pr Frédéric Gottrand (Lille)
Site internet

FIRENDO
Maladies rares endocriniennes
Coordonnateur : Pr Jérôme Bertherat (Paris)
Site internet

G2M
Maladies héréditaires du métabolisme
Coordonnateur : Pr Pascale De Lonlay (Paris)
Site internet

MaRIH
Maladies rares immuno-hématologiques
Coordonnateur : Pr Régis Peffault de Latour (Paris)
Site internet

MHEMO
Maladies rares de l’hémostase
Coordonnateur : Pr Sophie Susen (Lille)
Site internet

Muco/CFTR
Mucoviscidose et affections liées à une anomalie de CFTR
Coordonnateur : Pr Isabelle Durieu (Lyon)
Site internet

NeuroSphinx
Malformations pelviennes et médullaires rares
Coordonnateur : Dr Célia Crétolle (Paris)
Site internet

ORKiD
Maladies rénales rares
Coordonnateur : Pr Aurélia Bertholet-Thomas (Lyon)
Site internet

OSCAR
Maladies rares de l’os, du calcium et du cartilage
Coordonnateur : Pr Agnès Linglart (Le Kremlin-Bicêtre)
Site internet

RespiFIL
Maladies respiratoires rares
Coordonnateur : Pr Vincent Cottin (Lyon)
Site internet

SENSGENE
Maladies rares sensorielles
Coordonnateur : Pr Hélène Dollfus (Strasbourg)
Site internet

TeteCou
Maladies rares de la tête, du cou et des dents
Coordonnateur : Pr Nicolas Leboulanger (Paris)
Site internet